下一代测序（NGS）市场快速扩张，预计增长率达到23.1%。该市场也是基因组学领域利润较高的，2014年全球NGS市场价值将达25亿美元，预计2020年这一数值有望升至87亿美元。随着对基因组学研究的持续支持，各政府机构如美国国家人类基因组研究所（NHGRI）和英国生物技术与生物科学研究委员会（BBSRC）越来越多地应用高通量测序平台。

在更高通量，更精确和更低成本的需求指导下，市场持续创新和发展推动下一代测序市场的整体增长。诸如研究机构资助缩减等因素都阻碍该市场的增长。此外，由基因序列产生的大数据分析以及随后对这些已分析数据的存储和管理都仍存在挑战。由于NGS技术和数据的复杂性，整个NGS工作流程的标准化仍不能满足需要。这个市场的增长机会，包括发展预测序、云计算和NGS生物信息学解决方案。

2014年，NGS平台市场以Illumina公司为主导，占据了74％的市场份额。其他拥有商业平台的公司，包括生命科技（已被赛默飞世尔科技收购）（美国），罗氏（美国）和太平洋生物科学公司（美国）。最近推出的平台：如HiSeq x10和NextSeq500将带动市场的进一步发展。基于NGS工作流程步骤，NGS整个市场主要分为三个部分：预测序、NGS平台和服务，以及NGS数据分析、存储和管理。

由现今的测序仪产生的原始测序数据不反映其本身任何有意义的信息。因此， 开发NGS数据分析的开源工具需要有充足的生物信息学背景。这些因素为商业化的NGS生物信息学软件、工作平台和服务提供了巨大的机遇，而这些领域的市场目前较为分散且规模较小。全基因组测序、外显子组测序、有针对性的重测序、从头测序、RNA测序、芯片测序和甲基测序是利用NGS数据分析工具和服务的主要应用对象。包括CLC生物（QIAGEN子公司）（荷兰），Biomatters（新西兰），Partek（美国），Genomatix（德国），Knome（美国）和DNASTAR（美国）等在内的公司将主导这个市场。

NGS定位于革命性的应用市场：如诊断、药物开发、生物标志物发现、个性化医疗、农业和动物研究。研究机构和政府机构是NGS主要的终端用户市场；随着成本的下降，在诊断中的应用增加，以及NGS自身的高通量和灵敏度等特性，其在医药的应用率也会不断增加。

NGS市场将见证在短短几年内基于纳米孔测序技术和完全集成型工具的全新一代测序平台能够完成所有NGS工作流程的步骤。