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编译者:刘晶晶发布时间:2014-6-22点击量:3 来源栏目:先进工业生物科技动态

弗罗里达大学的研究人员首次实现对海洋中的生物进行实时基因组测序。因为运输和存储海洋生物基因材料十分困难,以往对海洋生物进行大规模基因组测序几乎是不可能的。但现在借助完备的基因组实验设备和弗罗里达大学新型超级计算机HiPerGator可以实现这一梦想。

这一突破有着巨大的价值,因为如今50%的药物都来源于天然产物,而地球面积的70%为海洋,因此科学家们估计海洋中仍存在有1400万至2000万种化合物未被发现。

在2月早期和3月至4月底期间,加起来总共不到两周的时间内,科研团队共检测了22种生物的转录组序列,其中包括珍稀动物栉水母。

新的方法可在样本取回后就在船上进行即时处理,并使用离子流个体基因组测序机系统(IonTorrentPersonalGenomeMachineSystem)进行检测,该系统通过卫星与弗罗里达大学的全新高速超级计算机HiPerGator相联。

通过实地考察证实,该系统可以保证即使在起伏波动的海面上也可以进行直接测序与实时基因组分析。过去动物被送到实验室时常常快要腐败了,只能通过过量采样才能弥补因此产生的误差,这样会造成珍稀动物的过度捕杀,而且没有足够的样本来进行重复实验,如需重复,则研究人员必须花费大量财力物力再次进行实地考察。因此,该研究项目的理念是实现实地考察与实验室工作同时进行。

研究团队获OceanResearchCorp公司的经费支持进行了两次实验航行,参加航行的包括佛罗里达生物多样性研究所、LifeTechnologies公司、佛罗里达自然历史博物馆、国际海洋保存者学会(InternationalSeaKeeperSociety)、美国国家航空与宇宙航行局(NASA)、美国国立卫生研究院(NIH)和美国国家科学基金会(NSF)。此次研究发现也被视为公共和私营研究机构合作的成功范例。

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