联合国粮农组织（FAO）指出，现代生物燃料技术与产业快速发展，对成本效益和环境可持续的追求日益增加，在此过程中，生物燃料生产必须寻求益处与潜在隐性成本、能源安全与食品安全之间的平衡。合适的政策，并非是非此即彼的选择，而可以是一种双赢的局面，这也是FAO一直努力的方向。

考虑到石油价格的升高、能源进口预算的攀升、地缘政治的变化以及气候变化等环境问题不断涌现，首要挑战之一是政策制定者将持续面对既要培育生物燃料产业的发展又要保护食品供给和价格稳定的难题，在发展中国家和新兴经济体中这种问题尤为突出。

许多国家都已经制定并开始执行更加灵活的生物燃料政策，以适应农业原料和化石燃料价格的变化。超过60个国家已经明确提出可再生燃料在燃料供给中所占比例的强制性规定，同时，还允许附加的灵活性，用于最小化对食品价格的压力。例如，用5～10年的周期来替代每年时间来计算可再生燃料所占比例。

各国政策的协调也同样重要，美国、欧盟和巴西政策的协调可以避免乙醇大量的交易流，当价格已经很高时，可以减少对特定原料的额外需求。还可以在加油站增加灵活性，广泛升级灵活燃料技术，允许燃料销售终端和用户根据价格的变化在加油站自由选择化石燃料和生物燃料。

不仅现有的框架需要变得更加灵活，而且生物燃料政策应该用于提供资金以保障贫穷国家的人们能应对因食品价格上涨所带来的不利影响，可选的方案包括对生物燃料的掺入实施可变的收费管理。

为了使现有生物燃料政策更具灵活性，另一个主要挑战是充分地掌控生物燃料对食品安全的影响。在许多发展中国家，缺少稳定的能源供给是限制农业生产力的首要因素，进而威胁粮食安全。在许多非洲内陆国家，农民为化石燃料支付的价格是世界市场价格的2～3倍，电力通常完全缺乏或依赖于运行昂贵化石燃料的发电机。不稳定的和高成本的电力供应使农民无法实现农业生产的机械化，增加了食品产品的消耗和损坏，因此，为农民提供源自麻疯树或棕榈油的生物柴油是一种有效的选择方案，支持生物燃料的投资和培训已经逐年发挥实效。