美国纽约时报最近披露一些肥皂公司正用由酵母藻类合成的替代物来替代用于生产肥皂产品的棕榈油，争议之处在于，这里所用的酵母藻类是经基因改良的，是一种合成生物学产品。Grist网站的一篇评论指出，合成生物学将成为永无终止的转基因争论的下一个前沿阵地。

该文章指出，合成生物学的特点在于其不是DNA在不同物种间的简单剪切和粘贴，而是指的创造基因，然后将其转入酵母或其他目标细胞内。上述肥皂企业的激进主义者认为应用合成生物学方法生产棕榈油替代物是一个不体面的秘密，进而将其公之于众。

问题在于，棕榈油生产是否破坏雨林？Forest Heroes Campaign项目的主席Glenn Hurowitz做了大量重要的工作来阻止人们将雨林转作油料农场，他称自己为转基因的批判家。然而，他认为，棕榈油产业的确对森林以及环境造成了极大的破坏，如果这些合成有机体可以生产大量的蔬菜油，人们应该值得庆贺。关键在于，合成生物学还不够成熟，仅在替代以往难以生产的化学品时具有成本优势，当然，那些化学品还可以由棕榈油生产，但是因数量太小而没有太大差别。合成生物学企业尚没有达到可以与低廉的大宗来自棕榈油或大豆油的日用品相竞争的程度，但是差距的确在逐步缩小。另外一种途径是Solazyme公司采用的利用酵母藻类发酵糖来生产棕榈油替代物的方法，本质上是将蔗糖转化成棕榈油，并没有改变传统的生产链。

因此，一些企业开始尝试利用合成生物学方法将二氧化碳和甲烷转化成蔬菜油和燃料，当然，这种方法尚处于发展的早期阶段，因此，源自合成生物学方法的棕榈油替代物将来或许能带来切实的环境益处，但不是现在。

那么，现在是必须考虑合成生物学本身到底是好是坏这个问题的时候了，一些企业已经开始生产合成生物学食品原料，这必然导致一些人的紧张。

合成生物学的争论作为转基因之争的延伸，其核心在于透明性。告诉顾客真相，如果他们喜欢企业的合成生物学产品，他们将会为合成生物学而辩护，如果企业隐瞒真相，他们则会站在反对面。因此，如果企业想要利用合成生物学方法来使产品变得更加“绿色”，就应向顾客公开并展示其切实的益处。如果企业利用藻类油替代棕榈油，就应向顾客出示因替代棕榈油利用而减少森林砍伐的证据，这将使公众对合成生物学的争论变得更加理性，而不是凭空想象地争辩。

早在2012年，一个由生物技术观察者组建的联盟起草了一份名为《合成生物学监管原则（The Principles for the Oversight of Synthetic Biology）》的报告，设定了发展该技术的指导方针，核心点在于，该报告建议采取预先警戒的方法来评估合成生物学对环境、健和社会公正的影响。然而，该报告也引来一些质疑，被认为是按该报告的观点，则需实现乌托邦后才能允许应用合成生物学，意味着现在应完全停止合成生物学的相关工作。