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编译者:丁陈君发布时间:2014-5-7点击量:9 来源栏目:先进工业生物科技动态

美国弗吉尼亚理工大学和麻省理工学院的研究人员采用计算机辅助设计工具创建了一套用于指导生物系统设计的遗传语言语法。

合成生物学家拥有的关于自然来源和人工合成部件的资源库不断扩大,该资源库可用来设计和构建生命系统。这些部件就是DNA语言的单词和管理语言的一套设计规则(“语法”)。它们必须具有足够的表达能力,才能使科学家构建广泛的结构,但同时又不能太发散,以避免增加设计缺陷结构的可能性。

美国麻省理工学院电气工程和计算机科学系的研究人员发表在《ACS合成生物学》上的论文描述了其开发的一种遗传语言,涉及如何在动物、植物和其他包含细胞核的生物中设计多种合成的转录因子。

同时,弗吉尼亚理工生物信息研究所的研究小组也开发了一种语言描述在微藻叶绿体中表达目的基因的设计规则,相关研究已发表于2014年1月15日的《生物信息学》。

就像软件工程师需要不同的语言如HTML、SQL或Java来开发不同类型的应用软件,合成生物学家也需要不同的语言实现各种生物应用。研究人员指出,随着生物部件的数量增多,复杂性增加,通过定义标准来概括现有知识变得越来越重要。他们提出,语法是实现广泛的合成基因部件标准化的第一步,可以进行组合,以开发创新产品的标准化的第一步。

名为GenoCAD的开源软件可以帮助合成生物学家获取生物学规则的信息以构建工程生物,以此来利用廉价可再生原料生产高价值产品或给出医疗保健的解决方案。GenoCAD将工程学方法与生物学结合起来,有助于研究人员设计蛋白表达载体、人工基因网络,以及其他遗传结构。在GenoCAD中开发一种语法就像写一篇综述,逐步深入挖掘细节后,对一个特定领域有一个更充分的认识。

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