2019年3月11日，SuperKEKB项目三期工程顺利开工，是日本先进粒子对撞机发展史上的里程碑时间。这一期工程是该项目的物理运行阶段，届时Belle II实验将开始全部使用探测器仪器获取数据。

KEKB加速器于1999年至2010年服役，是目前正负电子对撞机亮度世界纪录的保持者。它的继承者SuperKEKB计划在其生命周期内达到40倍的亮度。Belle II和SuperKEKB将成为世界上第一家超级B介子工厂设备。Belle II的目标是数据积累比上一代设施多50倍，并寻找隐藏在亚原子粒子中的新物理现象，从而揭示早期宇宙的奥秘。

对原有设备进行了重大升级，Belle II/SuperKEKB设施在2010年底开始建设。SuperKEKB在碰撞点将光束缩小到“纳米束”尺寸，比在KEKB处获得的光束尺寸小20倍，同时使光束电流加倍，从而实现亮度提高40倍的目标。这些改进将产生更大的数据量以及更大的光束背景。

升级的Belle II实验旨在对已知现象进行精确测量的同时，寻找无法用粒子物理标准模型解释的新物理现象。正负电子碰撞在干净的环境中产生大量的B介子对，没有其他伴随粒子。研究这些衰变可以找出与公认理论的偏差。如果发现统计上的显著差异，这将是自20世纪70年代标准模型提出以来新物理学的首次发现。

为了实现这一目标，必须观察到比以前正负电子设施中产生的多得多的B介子对。Belle II计划成为世界上第一家超级B对工厂，该实验产生了7.6亿个此类事件。